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La Ciénaga de Zapata atesora una fauna
muy variada y ejemplo de ello es que existen 16 especies de reptiles, entre los que sobresalen los cocodrilos cubano y americano, iguanas, lagartijas, majáes, y varios tipos de ranas, mientras los mamíferos se hacen representar por especies como la denominada jutía enana, además de la jutía conga, así como por abundantes poblaciones introducidas de cerdos jíbaros y venados.
Del mismo modo existen dos especies de vertebrados acuáticos amenazados de extinción: el manatí y el manjuarí, este último es un pez que en Cuba sólo se encuentra en esa región.
Aquí se han podido identificar más de un millar de especies de insectos, arácnidos y artrópodos, algunos de formas muy peculiares.
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